無論如何，這種從鴻都門學學士中直接選拔官員的方式，迅速招致了以清流士大夫為代表的傳統勢力的激烈諫議和強烈反對。在他們看來，這不僅是選官內容的墮落——由關乎治國平天下的儒術、道德，變成了屬于雕蟲小技的辭賦、書畫；更是選官形式的顛覆——完全繞過了漢代賴以立國的“鄉舉里選”的繁復程序和人倫品鑒。這動搖了他們賴以安身立命和維系政治地位的根基。

清流輿論普遍認為：這根本就是宦官集團為了培植自身政治勢力，對抗并削弱清流士大夫的力量，從而攛掇年少貪圖享樂、喜歡新奇玩意的靈帝開設的鴻都門學。他們將此視為宦官對文化權力和政治權力的一次公然搶奪。

于是，以光祿大夫楊賜（弘農楊氏代表）、議郎蔡邕、衛尉陽球等為代表的著名清流士大夫紛紛上書激烈反對。然而，細察他們的奏章，其反對的著眼點并不完全相同，折射出士大夫內部的微妙差異。

楊賜與陽球等人的態度更為激烈和保守。他們從根本上看不上那些沒有顯赫出身、不習儒家經典、僅憑“工書鳥篆”等技藝入選的鴻都門學學士。在他們的奏疏中，不惜對這些人進行猛烈的人身攻擊，指責他們“皆出于微蔑，斗筲小人”（出身卑微，器量狹小如斗筲），更斷他們品德統統不好，尤其點名批評領頭者如郄儉、梁鵠等人，“俱以便辟之性，佞辯之心，各受豐爵不次之寵。”（都是憑著逢迎諂媚的性情和巧辯佞的心術，獲得了高官厚祿和破格恩寵）。最后，他們甚至不屑地表示“士君子皆恥與為列焉”（真正的士人君子都以與這些人為伍為恥）。他們的反對，帶有濃厚的門第優越感和對文化“異端”的排斥。

正當楊賜、陽球等清流重臣對鴻都門學及其學子展開猛烈抨擊，辭激烈，幾近辱罵之時，蔡邕的態度則顯得復雜而微妙。他同樣激烈上書，但其論點更多集中在鴻都門學破壞選舉制度、僭越禮制、引導士風追逐浮華技藝而非根本道德學問所帶來的危害上。他擔憂長此以往，會導致“儒者之學，堙廢不振”，真正能治國安邦的人才被邊緣化。他的反對，更側重于維護儒家道統和帝國長治久安的制度根本，雖然他也同樣不認可那些僅以技藝進身者。與那些徹底否定鴻都門學存在價值的同僚相比，他的反對更多是聚焦于其選官制度的僭越，而非全然否定那些技藝本身及其研習者。

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